Rubio, de 57 años, fue subdelegado del Gobierno en Málaga con el expresidente del Gobierno, José María Aznar. Un cargo que desempeñó desde 1998 hasta 2004. Cuando Aznar perdió el Gobierno a José Luis Rodríguez Zapatero, el actual alcalde de Málaga, Francisco de la Torre, contrató a Rubio como coordinador de los distritos y del área de seguridad en el Ayuntamiento de Málaga. Posteriormente, fue designados por el PP para integrar la comisión gestora que dirigió el Ayuntamiento de Marbella hasta las elecciones municipales de 2007.
Carlos Rubio sustituye en el cargo al socialista Paulino Plata, que ocupaba la presidencia de la Autoridad Portuaria desde junio de 2013, cuando relevó a José Sánchez Maldonado.