Pako Ayestarán será el segundo entrenador de Unai Emery en su andadura en el Aston Villa. Recientemente el de Hondarribia rompía su contrato con el Villarreal previo pago de 6 millones de euros para firmar por el equipo de Birmingham las próximas cinco temporadas.
Pako Ayestarán estuvo en el Valencia en varias etapas. La primera lo hizo como preparador físico de Rafa Benítez en las tres temporadas que estuvo en el conjunto valencianista. Con aquel cuerpo técnico se ganaron dos ligas y una UEFA. Posteriormente acompañó los primeros años a Rafa Benítez en el Liverpool hasta 2008, fecha en la que se hizo cargo solo durante unas semanas de la dirección deportiva de la Real Sociedad.
Ya en la temporada 2009-2010 coincidió con Unai Emery en el Valencia al formar parte de su cuerpo técnico como preparador físico. La relación duró solo un año debido a que su intención siempre fue primer entrenador. Lo consiguió en agosto de 2013 al hacerse cargo del Tecos de la liga mexicana con quien no logró el ascenso a la primera división al caer en la Final del Ascenso ante el Leones Negros de la Universidad de Guadalajara.
En febrero de 2016 regresó al Valencia para formar parte del cuerpo técnico de Gary Neville pero no como preparador físico sino como asistente. En marzo de 2016 se hizo con el cargo de primer entrenador al ser destituido el británico. Renovó por dos temporadas en mayo de ese año pero sin embargo fue destituido el 20 de septiembre después de perder los 4 primeros partidos de Liga.
Su último trabajo ha estado en Portugal donde se hizo cargo del CD Tondela en sustitución de Natxo González en agosto de 2020. Temporada y media después, el 15 de marzo de 2022, era destituido. Ahora regresa a la Premier League para acompañar a Unai Emery en el equipo de los "villanos".
