"Los parámetros de vuelo se corresponden con las características de un cohete balístico de alcance medio", se afirma en un comunicado de esa cartera.
La nota oficial señala que el lanzamiento fue en dirección contraria a la frontera rusa y "no representó peligro para Rusia".
Defensa subrayó que el Sistema de Alerta de Ataque con Misiles detectó el lanzamiento del cohete norcoreano, que se produjo a las 00.46 GMT, y siguió toda su trayectoria.
"El cohete se elevó a una altura de 535 kilómetros, recorrió cerca de 510 kilómetros y cayó en la parte central de mar del Japón", añade el comunicado.
En medios políticos rusos, el anuncio de Corea del Norte del lanzamiento de su primer misil intercontinental fue recibido con cautela, aunque hubo quien los consideró un "farol".
"Las declaraciones de Pyongyang que pueden atacar cualquier lugar en el mundo son, claro está, un delirio. Pero aunque hay que tomárselas en serio, no dejan de ser un 'farol'", dijo el vicepresidente del Comité de Asuntos Internacionales de la Duma o Cámara de Diputados de Rusia, Alexéi Chepa.