La primera fase contempla la construcción de una nueva torre de hospitalización de adultos y un edificio destinado a servicios centrales, que albergará buena parte de las áreas de diagnóstico y tratamiento. La segunda fase incluye la demolición de los edificios General y de Traumatología, así como la edificación de nuevas zonas de consultas externas y una torre materno-infantil. Los trabajos, que comenzarán en el segundo trimestre de 2027, tendrán un plazo de ejecución de 96 meses y se desarrollarán de forma coordinada y escalonada para compatibilizar las obras con la actividad asistencial del complejo. Este procedimiento permitirá poner en funcionamiento las nuevas instalaciones antes de intervenir en los edificios actuales y trasladar progresivamente los servicios y unidades, de manera que se mantenga la atención sanitaria a los pacientes durante todo el proceso.
Antes del inicio de estas nuevas fases de la Ciudad de la Salud, está previsto que concluya la fase cero, que incluye la construcción de un punto limpio provisional, el Edificio Industrial, la galería de instalaciones y el edificio de Protonterapia. El primero ya está terminado, mientras que en el resto de las actuaciones continúan las labores de excavación y preparación del terreno, cuya finalización se prevé para finales de noviembre. A continuación, comenzarán las tareas de cimentación. La Ciudad de la Salud contará con una inversión global prevista de 1.000 millones de euros y una superficie de más de 550.000 metros cuadrados, el doble de la que ocupa actualmente el Hospital público La Paz. El complejo, que integrará la actividad sanitaria, docente e investigadora junto con la Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de Madrid, dispondrá de 1.140 camas, 49 quirófanos, algunos de ellos con cirugía robótica, y 692 puestos de atención distribuidos entre hospital de día (243), UCI (194) y urgencias (255). También incluirá un Centro Integral de Cáncer Pediátrico.

