Mendoza sabía desde antes de la aprobación del PGOU en 2001 que no podía construir al sur del Monasterio de los Jerónimos.

En enero de 1999, Mendoza presentó alegaciones al Plan General de Ordenación Urbana pidiendo "calificar de equipamiento ligado a la universidad privada el entorno del Monasterio en extensión de al menos 113.500 m2, incluyendo los terrenos ya adquiridos por la universidad, y la totalidad de los terrenos de la parcela situada justo enfrente del monasterio". Mendoza advirtió al Ayuntamiento de Murcia de que se marcharía del municipio de Murcia de no acogerse sus alegaciones. El borrador del Plan General de Ordenación Urbana, según Mendoza, no había previsto las necesidades urbanísticas de la universidad e impedía su crecimiento mediante la imposición de barreras.

Las alegaciones presentadas por el presidente de la Fundación San Antonio al Plan General de Ordenación Urbana fueron estimadas por su motivación, pero dándole una solución distinta. Es decir, el Ayuntamiento de Murcia rechazó recalificar los terrenos de huerta al sur como pedía Mendoza “para salvaguardar el entorno de su edificio más representativo, el Monasterio de los Jerónimos, pieza fundamental del patrimonio histórico-cultural y paisajístico de todos los murcianos siendo desde el sur/sureste/suroeste su perspectiva más característica” según consta en el informe general de alegaciones al PGOU aprobado el 23 de junio de 2000 donde se informó a la Fundación San Antonio de que “los únicos terrenos adecuados dada su calificación como equipamiento para las pretensiones de la universidad privada estaban situados al norte previo informe vinculante de la Consejería de Cultura”.

En julio de 2000, el entonces concejal de Urbanismo, Ginés Navarro informó al Pleno municipal de que las pretensiones de la UCAM estaban limitadas, al sur, por una zona calificada de máxima protección del río; en cuanto al norte, el concejal explicó que el Ayuntamiento de Murcia no disponía de terrenos aunque se podrían obtener unos 60.000 m2, calificados como sistema general universitario, y se podrían poner a disposición de la universidad para sus actividades, aún cuando esta cesión –dijo- “será exclusivamente del uso y no de la propiedad pues no debe olvidarse que se trata de una entidad privada". En 2005, el alcalde Miguel Ángel Cámara cedió a la Fundación San Antonio 135.000 m2 al norte del monasterio para su demandada expansión educativa y docente.

A pesar de las advertencias municipales, José Luis Mendoza construyó varios edificios en terrenos de huerta protegida según el PGOU sobre una superficie de 3.479m2 sin que por parte de los servicios de inspección urbanística advirtiesen nada al respecto a lo largo de los años. La primera inspección por parte del Ayuntamiento de Murcia no se efectuó hasta junio de 2015, aunque las construcciones se realizaron varios años antes.

La Fiscalía aprecia un posible delito contra la ordenación del territorio y está pendiente de que la titular del Juzgado de Instrucción número 5 dicte auto de procedimiento abreviado. Sin embargo, los letrados del presidente de la universidad privada que han pedido el sobreseimiento de la causa, aducen que los edificios son legalizables en la actualidad por “interés social”, pero el Ministerio Público alega que aunque así fuera, que no lo cree, ello no evitaría que el delito urbanístico se hubiera consumado. Los edificios, que un perito designado por el juzgado certificó que necesitaban licencia urbanística, se levantaron sin la autorización preceptiva en un suelo no urbanizable de especial protección paisajística al tratarse del entorno del Monasterio de los Jerónimos que tiene categoría de monumento BIC.