Los restos, disgregados y "en muy mal estado", se han encontrado junto con material óseo de varios adultos más en uno de los nichos de la cripta distinto al que contenía la tabla con las iniciales M.C., y los análisis de laboratorio externo parecen indicar que son los del padre del Quijote y su esposa. Aunque el Ayuntamiento de Madrid insiste en que todavía no hay garantías de que pertenezcan al escritor.
Las mismas fuentes de la investigación señalan que no se trata del punto de enterramiento donde el escritor fue sepultado en 1616 sino el sitio al que se trasladaron sus restos óseos con posterioridad a 1673, cuando comenzaron las obras de remodelación de la iglesia, ahora catalogada como bien de interés cultural (BIC) y ubicada en el madrileño barrio de las Letras.
Por otro lado, según ha podido saber Onda Cero bajo el convento de las Trinitarias se han hallado trescientos cuerpos de niños, en su mayoría neonatos, que habría fallecido por una epidemia en el siglo XVII. Fuentes de la investigación que han presenciado la exhumación de los cuerpos han contado a Onda Cero que las mortajas y ataúdes de estos pequeños eran bastante lujosas.
