Este centro será "de referencia" a nivel nacional y con un carácter eminentemente multidisciplinar que permitirá desarrollar proyectos cooperativos para poder abordar, desde las vertientes científica, asistencial y de transferencia de conocimiento a la sociedad, las diferentes manifestaciones de las Ciencias de la Actividad Física y el Deporte.
El centro estará ubicado inicialmente en la Facultad de Ciencias del Deporte, en Cáceres, por tratarse del lugar más adecuado por las instalaciones y recursos de los que ya dispone, si bien en el futuro se estudiará su traslado al Parque Científico y Tecnológico de Extremadura, ubicado en Badajoz.
En el INIDE se integrarán diversas áreas de conocimiento implicadas en la Ciencias del Deporte, estableciéndose dinámicas de trabajo que estimularán la cooperación entre las unidades de investigación.
De esta manera, el instituto estará formado por cuatro grandes áreas de especialización, que son actividad física y salud; entrenamiento deportivo; análisis comportamental y de la actividad física y el deporte, y educación y deporte.