El primer enfrentamiento del Villarreal a domicilio ante un equipo de la republica Checa se remonta a la Copa Intertoto de la temporada 2003-2004 y en aquella ocasión apeó al Brno tras empatar 1-1 en el partido de ida y vencer por 2-0 en El Madrigal. En su siguiente visita consiguió su primer triunfo. Fue ante el Mlada Boleslav, al que se impuso por 1-2 en la fase de grupos de la Liga de Europa 2007-2008 con goles de Nihat y Cazorla. Los dos últimos duelos se produjeron en la temporada 2015-2016. Primero se enfrentó al Viktoria Plzen, en la fase de grupos, en un partido que se saldó con empate a tres goles(Bakambú, Jonathan y Bruno) y más tarde goleó al Sparta de Praga (2-4) en los cuartos de final de la competición. Aquel partido, con Marcelino en el banquillo, supuso la clasificación de los castellonenses para la la semifinal de la competición y contó con Cedrick Bakambu como protagonista al anotar dos tantos