El actual órgano de Santa María fue construido por uno de los mejores organeros del mundo en el año 2005. esta es la última etapa de la historia de este instrumento fundamental para las representaciones del Misteri que tuvo un antecesor en el siglo XVIII. El órgano de la basílica reúne dos características que le convierten en uno de los mas apreciados por los interpretes de toda Europa: sus características técnicas y su estética. Hoy lo conocemos con la ayuda de Javier Gonzálvez, organista y Mestre de la Capella del Misteri d'Elx.